Ngày 8 tháng 9, quân pháp tại Thái Bình, Kiến Xương đột ngột rút về bên kia bờ sông Hồng. Quân Vạn Ninh chỉ biết trơ mắt ếch mà nhìn binh sĩ Pháp thoải mái, tự tin lên Chiến hạm mà qua bên kia sông. Quân Vạn Ninh của Diêu thiếu đúng là bó tay mà không thể gây được bất kì khó khăn nào được cho nhánh 5 ngàn quân Pháp đang rút lui này. Sự tình thì quá dễ giải thích, hai tuần dương hạm dựa vào sông Hồng to lớn mà có thể xâm nhập sâu vào nội địa, chúng đang phong tỏa bờ sông bảo vệ cho lính Pháp rút lui. Tiếp theo đó là quân Vạn Ninh đã chôn quá nhiều mìn tại Kiến Xương, họ cũng không dám tự mình đi qua mà phải để đội phá mìn có thể tiến lên dò phá.
Lý do quân Pháp rút lui thì có hai, một là họ đã thua thảm hại tại Hưng Yên và đã chứng kiến sức chiến đấu khủng bố của quân Vạn Ninh. Nhánh quân này không thể không chạy khỏi thành Hưng Yên mà qua sông bên phần đất Nam Định. Đội quân của Pháp 30 ngàn mà nay chỉ còn có hơn ngàn người, trong đó thương binh là có rất nhiều. Quân Pháp chỉ giữ được thành Hưng Yên trong 1 tiếng đồng hồ sau đó cũng chạy biến, lý do quân Đại Nam còn tới hơn 900 người với đầy đủ sức lực và pháo đại bác. Trongkhi 20 thanh pháp Napoleon III vì thua trận bỏ chạy nên quân Pháp đã đánh mất vào tay Vạn Ninh quân. Không có đại bác thủ thành thì hơn ngàn quân Pháp sĩ khí rối loạn, thương binh phân nửa này có thể đánh được bao hồi. Chính vì lý do này mà Hautefeuille dù muốn hay không muốn cũng phải bỏ chạy khỏi thành Hưng Yên.
Nhưng đó cũng là mộ lý do mà thôi., Cũng cùng ngày 6 tháng 9, Hai ngàn quân Pháp đã tấn công thành Hà Nội. 6 giờ sáng ngày 6 tháng 9, Các pháo thuyền đậu chật kín mặt sông Hồng, dưới sự chỉ huy của Phó tư lệnh quân Viễn chinh Pháp Léonard Charner bắt đầu pháo kích vào hai cửa thành phía Bắc và phía Đông cùng các cơ sở chính quyền trong thành Hà Nội, đặc biệt tập trung pháo kích hương về doanh trại chỉ huy của tổng đốc Hà Nam Nguyễn Tri Phương vừa mới chạy từ Nam Định về Hà Nội, dinh phủ của Tổng đốc Hà Ninh và Kỳ Đài ( cột cờ Hà Nội) là nơi bị bọn Pháp tấn công trọng điểm bằng pháp binh. Hàng chục thanh phá Napoleon III nổ vang khiến cho quân Nguyễn quá choáng váng, họ cũng có đánh trả nhưng hiệu quả của súng thần công tồi tệ vô cùng.
Tới 6 giờ 30, sau nửa tiếng pháo kích khiến cho quân Nguyễn trong thành nhấc đạy không nổi đầu thì quân Pháp cũng cho ngừng pháo kích. Léonard Charner chỉ huy 1000 thủy bộ binh với mười hai khẩu Napoleon III bộ chiến nhanh chóng tận dụng quân Nguyễn đang bối rối mà cũng đang bị hỏa lực của quân Pháp bên phía thành thành phía Bắc và phía Đông mà đổ bộ lên thành Nam. Chúng tấn công dữ dội tại nơi đây khiến cho quân Nguyễn trở tay không kịp. Lầu canh hình bán nguyệt nơi cổng thành phía Nam bị quân Pháp công phá và chiếm đóng nhanh chóng.
Đại tá Dupuis của quân Pháp lợi dụng quân Nguyễn đang bị dắt mũi đổ ứu cứu viện thì nhanh chóng cho 1 ngàn quân lên bờ, chia làm hai đường mà bố trí quân và thủ hạ của mình sát gần cửa thành phía Đông cùng cửa Bắc. Các chiến hạm quân Pháp lại pháo kích ầm ầm vào hai cửa thành Đông và Bắc. ngay sau khi ngưng pháo kích. Ngay sau khi pháo từ Hạm đội Pháp ngưng lại thì Dupuis nhanh chóng ra lệnh cho quân bắn áp chế sau đó liều chết đặt thuốc nổ chôn dưới chân cổng thành. Thành Đông bị công phá. Phán quân lao vào chiếm đóng lầu canh hình bán nguyệt nơi cổng thành phía Đông rồi đóng chốt ở phía Bắc chận giữ đường rút lui tháo chạy của quan binh triều đình Nguyễn.
Ngày 7 tháng 9 năm 1862, từ lúc 5 giờ sáng, lực lượng phối hợp do Léonard Charner và Dupuis chỉ huy chuẩn bị lần cuối trước khi tấn công vào thành Hà Nội. Đúng 6 giờ sáng, Các chiến hạm khu trục cũng như tuần dương trên sông Hồng từ khoảng cách 1.200 mét bắt đầu bắn phá vào thành Hà Nộị, tới 6 giờ 30, cuộc pháo kích ngừng. Toán quân của Dupuis chiếm đóng cổng thành phía Bắc, trong khi đích thân Dupuis chỉ huy một toán quân chiếm đóng lầu canh hình bán nguyệt và mở cổng thành.
Đội quân Léonard Charner chia thành hai cánh: cánh quân thứ 100 binh nhất lấy 5 thanh Napoleon III kéo tới dàn trận trước cổng thành phía Tây-Nam để nghi binh, giả tấn công vào mặt này nhằm đánh lạc hướng quan binh trong thành. Cánh quân thứ hai gồm có 500 thủy bộ binh do chuẩn úy Trentinian chỉ huy 5 khẩu trọng pháo 24 pound thành ở cửa Đông-Nam một cách thực sự.
10 giờ sáng, Léonard Charner dẫn đầu toán quân thứ hai tấn công mặt Đông-Nam. Tháp canh mặt này bị chiếm ngay sau khi cổng thành bị phá vỡ, toán quân của Léonard Charner tràn vào thành. Nhưng 20 ngàn quân Đại Nam chống cự rất mạnh trên đường phố mặc dù họ chỉ có súng hỏa mai nghẻ, đao thuẫn. 3 ngàn quân Pháp gặp không ít khó khăn. Nhưng sự cách biệt quá xa về vũ khí thì quân số cũng như sĩ khí không thể san lấp được Quân nhà Nguyễn bị đồ sát, bi dần dồn về phía tháp canh Kỳ Đài. Đích thân tổng đốc nhị tỉnh Hà Nội – Nam Định Nguyễn Tri Phương đứng trên tháp canh để đốc thúc binh sĩ chống trả dù đã bị bắn trọng thương ở bụng, ông nằm xuống để cho quân sĩ Đại Nam nơi này như rắn mất đầu mà bắt đầu tan rã, thành Hà Nội bị quân Pháp chiếm. Hơn 7 ngàn người con anh dũng của Đất Đại Nam đã bị tàn sát không thương tiếc mà nằm trong vũng máu nhày nhụa. Chỉ còn 1 vạn 3 ngàn người bị bao vây tứ phía không thể làm gì mà đầu hàng thôi.
Ngày 8 tháng 9 thì quân Pháp từ bờ Đông sông Hồng thiệt hại đến gần 3 ngàn người mà quay lại Nam Định. Họ quay lại một phần vì chiến bại mà cũng một phần vì quân triều đình Huế đã nhận được tin tức quân Pháp đổ bộ Hà Nội, 1 vạn quân Huế đã trên đường Bắc tiến, chỉ huy là thiếu tướng Trần Văn Vân. Tin tức này cực kỳ đáng tin cậy vì tổ chức kia với hệ thống tình báo chính xác đã thông báo cho người Pháp. Lúc này đây quân Pháp chỉ còn lại 14 ngàn người mà thôi. Sức chiến đấu của quân Vạn Ninh quá sức ghê gớm thì quân Pháp đã chứng kiến rồi, chính vì vậy mà chúng để lại đến 8 ngàn người để phòng thủ sông Hồng tránh cho quân Vạn Ninh xâm nhập. Chỉ có 6 ngàn người là số quân mà Pháp quốc còn lại để cử đi chiếm đóng Ninh Bình cùng thành lập các cứ điểm phòng thủ quân triều Đình Huế.
Ngày 12 tháng 9, Quân Pháp dễ dàng chiếm đóng Ninh Bình vì nơi này không có nhân vật như Nguyễn Tri Phương đốc chiến nên lính đại phương rời rạc không có tính chiến đấu nào cả. Ngày 15 tháng 9 quân Pháp đặt Chân lên đất Thanh Hóa cũng là lúc Trần Văn Vân đã đến kịp nơi. Thanh Hóa bỗng chốc chia là hai phần do hai phe Đại Nam- Pháp quốc tạm thời chiếm đóng. Trận chiến nơi này diễn ra khốc liệt không kém gì trận chiến bên bờ sông Hồng địa phận Thái Bình phủ.
Trần Văn Vân một tuần chiế đấu vừa đánh du kích lại vừa có thủ trọng địa. Chiến đấu rất có quy củ mà dùng binh lực nhiều hơn, trang bị dồi dào hơn đẩy lui 6 ngàn quân Pháp về Phía Bắc 25 km. Tình hình quân Pháp cực kì không khả quan, họ không dám tăng binh niều ở Thanh Hóa vì bên bờ sông Hồng là Vạn Ninh đang nhìn họ như hổ rình mồi. Nhưng người Pháp dám xông vào giữa hai thế lực quân đội mạnh nhất Đại Nam mà chia cắt ra thì chẳng nhẽ họ không có chuẩn bị gì sao.
Một tuần chiến đấu liên tục, 30km đường quốc lộ cộng thêm thật nhiều làng mạch được quân triều đình Huế thu thồi. Nếu tình hình cứ diễn ra như vậy thì chắc chắn quân Pháp sẽ bị đánh bay khỏi Hà Nội với sự phối hợp của Vạn Ninh và Huế. Viễn cảnh tương lai của Đại Nam lại sáng hơn bao giờ hết. Đánh xong trận chiến này thì quân Pháp có thách thêm kẹo cũng không thể nào dám mò vào Đại Nam. Thay vì đánh Đại Nam thì số quân này họ thừa sức chiếm hẳn Quảng Châu Loan rồi.
Nhưng sung sướng vì tin thắng trận liên tiếp cũng phải dừng lại ở đây rồi. Một trang viên hẻo lánh bên bờ Sông Thạc Hàn thuộc tỉnh Quảng Trị. Lão già câu cá không ngờ lại có thể ung dung tự tại trở lại. Lão đang ngồi buông cần bên sông, lần này theo hầu lão là một đồng tử môi hồng răng trắng hết sức đáng yêu.
- Gia gia, người câu cá mà không mắc mồi câu, không thả thính thì sao được?
Đứa nhỏ vô tri mà hỏi thật thà. Lão giả bỗng nhiên cười lớn, động tác này của hắn quả thật rất khác thường, trước nay nào thấy lão ta lớn tiếng như vậy.
- Có đạo lý, không ngờ trẻ nhỏ mà thông hiểu được đạo của trời đất. Không mồi không thính làm sao câu nổi cá to đây. ha ha ha…
- Thôi Nhất… cũng đến lúc buông mồi, thả thính rồi.
Ngày 20 tháng 9, Kinh đô Huế náo loạn vì một vụ án kinh thiên, không ngờ tổ chức bí mật thao túng triều đình, tạo nên nhiều sóng gió mấy năm qua lại bị tân quan Chuẩn tướng mật vụ Đại Nam Nguyễn Văn Duy phá giải. Một loạt các nhân vật trong tổ chức bị lôi ra ánh sáng và tống vào đại lao, số quan viên liên lụy lên đến 27 người, tất cả đều đang ăn cơm tù chờ bóc lịch. Vì công tích sáng chói này mà Nam Nguyễn Văn Duy anh rể của Tự Đức được thăng thêm một cấp thành Thiếu Tướng Mật Vụ sở Đại Nam đế quốc.
Cũng trong ngày hai quyển sách dày mang phong cách cổ xưa được đặt ngay ngắn trên bàn làm việc của Tự Đức.
Ngày 27 tháng 9, Trần Văn Vân Thiếu tướng binh đoàn quân Trung Ương Đại Nam đang hung hăng đánh trận với ý định công phá mảnh đất cuối cùng của Quân Pháp còn bám chân tại Thanh Hóa. Kế hoạch tác chiến đã được lên đầy đủ để sáng hôm sau có thể tiến hành. Đánh xong trận này thì đội quân một vạn Người tinh nhuệ sẽ có thể chọc thẳng vào Ninh Bình, từ nơi đây cả Hà Nội và Nam Định sẽ nằm dưới mũi súng của quân Đại Nam.
Nhưng tối ngày 27 tháng 9, Trần Văn Vân bỗng nhiên đón tiếp một phái đoàn đặc biệt từ kinh thành mà dẫn đầu là Nam Nguyễn Văn Duy và Chuẩn tướng Tôn Thất Giác của quân đoàn trung ương Đại Nam.
Không ai biết chuyện gì nhưng ngày hôm sau thì Trần Văn Vân bị áp giải đưa về khi đô Huế. Chuẩn tướng Tôn Thất Giác lên thay Trần Văn Vân chỉ huy đội quân vạn người đang tiến công quân Pháp này. Các sĩ quan, thân binh của Trần Văn Vân đều được thay mới toàn bộ và họ vô cớ cũng được giải về Kinh đô.
Ngày 30 tháng 9, bỗng nhiên Chiếc tàu chở Trương Đăng Quế của quân Pháp gặp nạn, tòa bộ thủy thủ đoán trôi dạt trên vùng biển Hà Tĩnh. Trương Đăng Quế “may mắn” được ngư dân cứu thoát mà một đường chạy về kinh đô bẩm báo chuyện hệ trọng.
3 tháng 10 quân Sư đoàn 283 thuộc Quân đoàn trung ương Đại Nam bị đánh bại tại Phủ Thiên Quan -Thanh Hóa ( Tam Điệp vùng), toàn quân đành phải rút lui về Phủ Trường Yên ( Bỉm Sơn)cố thủ.
Cúng lúc đó triều đình Huế dấy lên tin đồn, Trần gia Tại Phương Bắc muôn tự lập làm vương. Cả nước bàng hoàng, quân thần kinh sợ. Huế đô lại một lần nữa loạt tùng phèo.