Câu chuyện tình giữa Giả Bảo Ngọc và Lâm Đại Ngọc xuyên suốt qua toàn bộ tác phẩm, làm nên chủ đề chính của cuốn tiểu thuyết vĩ đại này.
Giả Bảo Ngọc và Lâm Đại Ngọc, hai anh em cô cậu ruột, cùng ở chung một nhà từ bé; lớn lên, vì Bảo Ngọc được bà nội nuông chiều, riêng cho ở trong vườn Đại quan cùng với đám “quần thoa”, nên anh ta và Đại Ngọc gần gũi nhau. Nhưng đây không phải là câu chuyện “lửa gần rơm... ”. Đây cũng không phải chỉ là câu chuyện “tài tử giai nhân là nợ sẵn”. Tình yêu của họ còn có nguyên cớ sâu xa hơn nhiều; họ nói như Saint Exupéry: “Yêu nhau không phải là nhìn nhau mà là cùng nhìn về một hướng”, nghĩa là họ “đồng điệu”, “tri âm” lẫn nhau trên những vấn đề có ý nghĩa cuộc sống.
Nói cho đúng, lúc đầu Bảo Ngọc cũng còn có chút phân vân. Anh ta sống giữa đám a hoàn nhan sắc, những Tập nhân, Tình văn... những người này là những phụ nữ xuất thân từ tầng lớp dưới, được họ Giả mua về hầu hạ, nhưng đó là những người có tình, có phẩm chất tốt đẹp. Họ chính là mót bức màn ngăn bụi trần của phủ Vinh quốc đầy dẫy những hạng đàn ông ô trọc. Bảo Ngọc cảm nhận được thực chất vị tha, quên mình đầy dịu dàng của họ, anh ta như một người được vây bọc bởi sự tận tụy, thương yêu... của những nữ tỳ - đồng thời cũng là “nữ thần” này. Do đó không lạ gì mà Bảo Ngọc đã nêu lên cái “nguyên lý nữ tính” rất xa lạ với tư tưởng “trọng nam khinh nữ” của xã hội phong kiến: “Xương thịt con gái là nước kết thành. Tôi trông thấy con gái thì người tôi nhẹ nhàng, khoan khoái, thấy con trai thì như bị phải hơi dơ bấn”. Trong phủ Giả lúc đó còn có cô em họ Tiết Bảo Thoa ở nhờ. Bảo Thoa đẹp, đức hạnh, nết na theo đúng nếp nhà phong kiến. Bảo Ngọc cũng mến Bảo Thoa, gần nàng, anh chàng đôi lúc cũng thấy xiêu xiêu, quả có như lời Lâm Đại Ngọc “gần cô chị thì quên khuấy cô em”!
Nhưng rồi dần dần, Bảo Ngọc chỉ yêu có Đại Ngọc thôi. Đại Ngọc kiều diễm, yếu đuối, là một tâm hồn dễ cám xúc, một tâm hồn nhạy cảm và phong phú - đó là một tâm hồn thơ đích thực; và đó là điều mà họ gặp nhau. Quan trọng hơn, là trong khi cả nhà chờ mong Bảo Ngọc học giỏi thi đỗ, làm quan giữ nếp nhà…, thì Bảo Ngọc lại chán ngấy cái con đường mòn nhàm chán đó, và người hiểu anh duy nhất là Đại Ngọc.
Bảo Ngọc, chàng trai được nhốt trong cái lồng kính quý tộc đầy cao lương gấm vóc, anh ta được người ta dùng gia giáo, thi giáo, lễ pháp... để ràng buộc theo con đường vạch sẵn. Giả Bảo Ngọc bị mất tự do, và anh ta cảm thấy sâu sắc điều đó, nên lúc nào anh ta cũng vùng vẫy tìm lối thoát, tìm cách phán kháng lại. Như một con chim khao khát trời xanh rộng lớn bị nhốt vào cái lồng vàng chật hẹp, Giả Bảo Ngọc sống không yên ổn. Anh lục lọi sách vở, đi vào triết học cổ, đi vào “tham thiền ngộ đạo” …nhưng những cái đó không cung cấp được cho anh một vũ khí tư tưởng nào để tự giải phóng! Mà thực ra, thì anh cũng lẩn quẩn, loanh quanh; anh ta là một sản phẩm đầy mâu thuẫn của một xã hội cũng đang chứa đầy mâu thuẫn, một xã hội đang tìm lối ra nhưng không có lối ra. Rốt cuộc, anh ta tỏ thái độ hoài nghi những gì “thánh hiền” đã viết, đã soạn, cho đó là “soạn bậy”, là “bịa”, là “nói tầm bậy”. Đối với đạo đức phong kiến mà cái cao nhất là “tôi trung con hiếu”, “sát thân thành nhân”, anh ta dám nói những lời “cách mệnh”: “Nhũng bọn mày râu dơ bẩn, chỉ biết “quan văn chết vì lời can gián, quan võ chết vì đánh giặc”, là hai cái chết của kẻ đại trượng phu, thành ra chỉ làm rối lên, nào có biết đâu có vua ngu mới có bầy tôi chết vì lời can gián; chỉ lo ra công đánh giặc, liều mình hy sinh, tương lai sẽ bỏ nước cho ai.
Thật là lời lẽ của ké “đại nghịch vô đạo”. Tất nhiên, nói cho công bằng, đó là một đôi ý nghĩ đột xuất của anh chàng này, còn như bình thường, anh ta vẫn phải nép mình trong lồng cũi tuân phục “di huấn thánh nhân”.
Trong hoàn cánh đó, Lâm Đại Ngọc đã đến. Họ đã đến với nhau không dễ dàng. Đại Ngọc vì gia cảnh đến ở nhờ trong phủ họ Giả, tuy là cháu ngoại đấy, nhưng vẫn bị Giá mẫu xem là “người ngoài”: “nữ nhân ngoại tộc”. Cái mặc cảm “ăn bám ở nhờ” luôn luôn làm nàng đau khổ - nàng vốn là người nhiều tự ái là người nhạy cảm, khó hòa hợp với chung quanh và do đó cô đơn. Tình cảnh của nàng còn bi đát hơn Bảo Ngọc nhiều, vì nàng là con gái, là phận ở nhờ, mà trong cái xã hội ghê khiếp ấy, thì nàng chẳng là cái gì cả, nàng chỉ là một cánh bèo dạt, một cánh hoa rơi! Cho nên nàng thương hoa, khóc hoa, chôn hoa, cho nên nàng luôn buồn thương vô hạn. Tâm hồn nàng như một sợi tơ đàn mảnh mai, bất kể một giọt mưa thu hay tơ liễu bay đều âm vang một điệu buồn đứt ruột! Cái yếu đuối, cái “đa sầu đa cảm” của nàng cũng là một nét tính cách riêng nhưng xuất phát từ những điều kiện của thời đại.
Giả Bảo Ngọc và Lâm Đại Ngọc đã đến với nhau như thế và đã đến với nhau rồi, hiểu lòng nhau rồi, họ vẫn sống những ngày tháng không yên. Trong tình yêu này, họ chưa được hưởng bao nhiêu hạnh phúc; chưa nếm mật ngọt tình yêu, họ đã linh cảm thấy mật đắng của đời! Họ luôn luôn bị bủa vây trong trùng điệp của mạng lưới phong kiến. Họ không phải là người quyết định được tình yêu của mình.
Cuối cùng, Giả mẫu và bọn phu nhân trong phu họ Giả đã quyết định! Họ đã chọn Tiết Bảo Thoa cho Bảo Ngọc. Và một khi đã chọn, họ đã nhẫn tâm theo kế “đánh tráo” của Phượng Thự Bảo Ngọc cứ yên trí là “cưới em Lâm”, hóa ra lúc giở khăn che mặt, lại là Bảo Thoa; Bảo Ngọc lúc bấy giờ mới bật ngửa, mà Lâm Đại Ngọc thì sau cơn ốm nặng, đã chết trong niềm đau đớn, oán hận bằng đốt thơ, đốt khăn tặng trong lúc cả nhà mừng đám cưởí của người mình yêu!
Kết thúc tấn bi kịch này, Bảo Ngọc trốn nhà đi tu; và Bảo Thoa làm một người góa phụ trẻ đau khổ..